一、非种子质量引起的纠纷：
          1、  非正常气候。由于非正常气候引起发育异常，发生病害加重、早衰、不结实，表现减产、品质差等现象，这样的气候原因包括光照不足、高温、高湿、冰雹、干旱、霜冻、雨涝等自然因素。
    2、  栽培管理不当。栽培技术如岔口、施肥、整地质量、播种期、浸种、催芽、播种质量、种植密度、追肥、浇水、化学除草、杀虫、营养元素缺乏等因素都有可能造成生长畸形、缺苗断垄、减产或品质下降，这就是说良种如果不与良法相配套，也不能发挥良种的潜力。
    3、  植物病虫害。在作物生长期间，很有可能遭受病虫害的危害，其危害程度与外部环境、栽培技术和病虫防治技术有直接关系。如玉米粗缩病除了品种抗病性稍有区别外，更主要的是苗期病毒传播媒介蚜虫、灰飞虱等害虫危害传播造成的。
    二、种子原因引起的纠纷：
    1、  品种适应性纠纷。农作物在适宜的生态环境下才能正常生长发育，超出适宜区域就不能正常发育。
    2、  假种子纠纷。《种子法》列举了“假种子”的类型，其中包括以非种子冒充种子、以此种种子冒充种子、以此品种种子冒充他种种子等三种情况，都有可能会给种子使用者带来损害。
    3、  劣种子纠纷。《农作物种子质量标准》规定纯度、发芽率、净度和水分四项检验参数，其中一项不符合标准，既是劣种子。生产实践中。纯度不够或发芽率低，是导致纠纷的主要原因。
    4、  宣传欺骗纠纷。种子经营者夸大宣传，欺骗种子的购买者和使用者，误导农民，或者不向购种农民如实提供该品种的特征特性和栽培要点，甚至隐瞒品种的主要缺陷，更有甚者虚假承诺。